Con la creación del Sistema de Universidad Virtual (UDGVirtual) –antes Coordinación General del Sistema para la Innovación del Aprendizaje (Innova)– en 2005 surge la Unidad de Biblioteca, dependiente de la Coordinación de Recursos Informativos, según el Estatuto Orgánico. Internamente se estructura por la jefatura de Biblioteca Virtual, las áreas de Selección y adquisición, Procesos técnicos y Servicios informativos. El personal que ha ocupado los puestos como responsables de cada área se ha formado en el ámbito bibliotecológico para atender de manera eficiente sus funciones.
En el mismo año, la biblioteca se integró a la Red de Bibliotecas de la Universidad de Guadalajara (REBIUdG) y trabajó bajo los estándares de calidad que se estipulaban en el Sistema de Gestión de Calidad de dicha red. A partir de 2012, la Red de Bibliotecas no renovó la certificación ISO-9000, sin embargo, en la Biblioteca de UDGVirtual se continuó trabajando con la filosofía de mejora continua de los procesos y servicios bibliotecarios.
Lo que era una sala de lectura, se transformó en una biblioteca universitaria (especializada en ese momento, por atender como tema principal la educación). En delante, las temáticas para el desarrollo de colecciones han correspondido a la oferta educativa que se ha ido desarrollando en UDGVirtual; los recursos informativos que se ofrecen corresponden al acervo general, conformado principalmente por monografías, y se cuenta también con las colecciones de consulta/referencia, publicaciones seriadas, audiovisuales, infantil y producción UDGVirtual.
Para la organización de los recursos informativos en formato impreso y audiovisual se utiliza el Sistema de Clasificación Decimal Dewey, el cual favorece el acomodo en estantería para su posterior localización y consulta. Se cuenta con el Sistema de Automatización de Bibliotecas Aleph que, al estar en red, permite realizar los diversos procesos que implican la adquisición, catalogación, circulación (préstamo automatizado) y consulta electrónica.
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